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商业调查取证的方式包括：

自行取证：商业秘密权利人可以自行收集证据，或者委托律师进行调查取证。律师凭借律师执业证书和律师事务所证明，可以向有关单位或个人调查与承办法律事务相关的情况。

公证机关进行公证保全：商业秘密权利人可以利用公证机关的公信力，在诉讼前保全重要证据，以防侵权人销毁证据或日后难以取证。

向法院申请证据保全：在证据可能灭失或以后难以取得的情况下，诉讼参加人可以向人民法院申请保全证据。提出诉前证据保全申请，应当以书面形式，并一般应在举证期限届满前提出。

申请法院调查取证：对于一些特殊证据材料，企业和个人难以通过一般渠道获得，可以申请法院调查取证。

向工商行政机关申请调查取证：商业秘密权利人发现商业秘密被侵犯时，可以根据相关规定向各级工商行政管理机关申请查处。工商管理机关在查处过程中有权对侵权产品进行查封、查阅、复制与案件有关的合同、账册等有关文件；询问当事人和证人；采用测量、拍照、摄像等方式进行现场勘验。

通过公安机关调查取证：公安机关是我国法定的侦查案件的机关，拥有强大的侦查力量体、先进的技术设备，丰富的侦查经验。商业秘密权利人发现侵害事实时，可以向公安机关报案，公安机关认为满足立案侦查条件的予以立案，并且采用专门的侦查手段调查取证。

综上所述，在面对商业秘密侵权时，权利人可以根据实际情况选择合适的调查取证方式进行应对。